杭锦后旗辖：陕坝镇、黄河镇、蛮会镇、三道桥镇、五星乡、跃进乡、光荣乡、红旗乡、联合乡、红星乡、团结乡、四支乡、南渠乡、沙海乡、召庙乡、大树湾乡、二道桥乡、南小召乡、查干敖包乡、头道桥乡、太阳庙乡。 2000年，杭锦后旗辖6个镇、15个乡。　根据第五次人口普查数据：全旗总人口284279人，其中： 黄河镇 6616、二道桥镇 11525、三道桥镇 13987、蛮会镇 8302、团结镇 8230、陕坝镇 50991、头道桥乡12192、查干敖包乡 14151、南小召乡 11973、五星乡 9631、太阳庙乡 11030、大树湾乡 7284、召庙乡 12732、沙海乡 13797、南渠乡 14670、四支乡 11262、光荣乡 17420、红旗乡 11056、联合乡 7949、红星乡 10223、跃进乡 16699、巴盟太阳庙农场虚拟乡 2559。　 　　杭锦后旗行政区划一览：（可能是2001年或2002年资料。根据当时《内蒙古行政区划代码》整理） 　　头道桥镇：辖 黄河居委会；南河头、解放闸、沼滩、人造海、三角城、联丰、联增、民丰、新丰、新建、民建11个行政村；巴盟原种场、巴盟果树场。 　　二道桥镇：辖 东方红、太阳升、东升、东风、庆丰、庆隆、西渠、东渠、双炮台9个行政村。 　　三道桥镇：辖 居委会；永跃、顺利、七六、热水、黎一、黎二、北林场、和平、和二、澄泥、永进、光林、蒙海、新光、新渠、先进、西渠口、柴脑包18个行政村。 　　蛮会镇：辖 蛮会、新发、西瓦窑、达利壕、胜丰、新华、民富7个行政村。 　　团结镇：辖 民先、永民、团结、立新、德义、红丰、红光、永丰8个行政村。 　　陕坝镇：辖 建设街、东二街、北三街、统建街、胜利东路、塞上东路、南三街、北桥街、糖厂街、新建街、西马路街、邮电街、西郊街、团结街、南环街、西沙壕、西二街、北二街、南马路街、南二街20个居委会；园子渠、跃进、晨光、丰产、红柳地、新跃、中胜、永华、中南渠、金星、高丰、春光、红太阳、满天红、永利、大顺城、城西17个行政村。 　　查干敖包乡：辖 幸福、甲一、挪一、挪二、永乐、甲三、永和、繁荣、富强、永红、甲二11个行政村。 　　南小召乡：辖 永丰、先锋、刹台、永增、永胜、新和、新胜、坚永、坚胜、坚强10个行政村；小召林场。 　　太阳庙乡：辖 太荣、太华、新建、永明、补隆、三淖、五四、五一、五丰9个行政村。 　　召庙乡：辖 建正、二支、曙光、黄家滩、明光、丰光、增光、尖子地、继光、总光10个行政村。 沙海乡：辖 乌兰、沙沟、五星、五四、沙海、梅林、新红、河壕、东滩、缸房10个行政村。 　　南渠乡：辖 长庆、长永、长胜、交通、冲锋、沙湾、南园、中心、新乐、胜利、前进11个行政村；青年农场。 　　四支乡：辖 友爱、向阳、八一、朝阳、三支渠、五支渠、蒙汉7个行政村。 　　红旗乡：辖 光明、红旗、新堂、永胜、星火、公益渠、帐房、赤丰8个行政村。 　　联合乡：辖 赛丰、竞丰、联合、建设、建国、十八顷地、富强7个行政村。 　　红星乡：辖 民生、民乐、民主、民渠、红星、和胜、和丰、红丰8个行政村。 　　巴盟太阳庙农场：一分场～九分场9个分场。 　　2002年，全旗共有16个乡镇、138个行政村、1053个农业合作社。 　　杭锦后旗辖7个镇、9个乡：头道桥镇、二道桥镇、三道桥镇、蛮会镇、团结镇、陕坝镇、召庙镇、查干敖包乡、南小召乡、太阳庙乡、沙海乡、南渠乡、四支乡、红旗乡、联合乡、红星乡；巴市太阳庙农场。