早在原始社会，巴彦淖尔市境内阴山以北地区就有人类居住，使用的石器多为刮削器，过着以狩猎为主的生活。夏商西周至春秋，鬼方、猃狁等民族游牧于此。战国时，赵国云中郡管辖达到阴山南，林胡、楼烦等民族游牧于阴山北。秦时，秦九原郡范围达到阴山南，匈奴民族活动在阴山以北地区。西汉武帝元朔二年（公元前127年）设五原、朔方二郡。朔方郡领县十（朔方、广牧、沃野、临河、临戎、三封、窳浑、呼遒、渠搜、大城、修都），其中临河县、沃野县在今临河区境内，临戎、三封、窳浑县在今磴口县境内。汉武帝下诏募民屯边，始有一定规模的从事耕种的农业。元始二年（公元2年）朔方郡有户34338户，人口136628人。五原郡领县十六（九原、临戎、河阴、曼柏、武都、南舆、固阳、西安阳、河目、宜梁、成宜、广牧），其中河目、西安阳、宜梁、成宜等县在今乌拉特前旗境内；广牧县在今五原县境内。

东汉初匈奴南单于分部众屯此，东汉末年朔方郡、五原郡废。东汉末至十六国，南匈奴等民族游牧于此。北魏，怀朔、沃野二镇在境内有建制。唐，初属丰州辖境，后为中、西受降城境域。

宋、辽、金、夏，巴彦淖尔地区东境迭次属辽、金国，西境为西夏国属地。元，阴山南属大同路云内州，阴山北属德宁路，统归中书省直辖。今磴口县则属甘肃行省宁夏路。明初分属山西东胜卫和陕西宁夏卫辖境，未几，皆入于北元。清，后套地区属伊克昭盟（今鄂尔多斯市）鄂尔多斯左翼后旗、右翼后旗地。顺治五年（1648年）设置乌拉特前旗、乌拉特中旗、乌拉特后旗（今乌加河以北以东）。清光绪二十九年（1903年）设五原厅。
　　中华民国元年五原厅改县。民国3年（1914年）设绥远特别行政区，当时境内设有五原县、乌拉特前旗、乌拉特中旗和乌拉特后旗。民国14年（1925年）设置临河、大佘太设治局，民国16年（1927年）设置磴口县。民国17年（1928年）绥远特别行政区改设为绥远省，当时境内设有五原县、大佘太设治局（民国20年7月大佘太设治局更名安北设治局）、临河设治局（民国18年10月临河改县）、乌拉特前旗、乌拉特中旗和乌拉特后旗。民国31年（1942年）绥远省在后套实行新县制，增设米仓县、狼山县、晏江县和陕坝市镇筹备处。时境内设有五原县、临河县、安北县、米仓县、狼山县、晏江县、乌拉特前旗、乌拉特中旗、乌拉特后旗和陕坝镇筹备处。
　　1949年，绥远和平解放。1950年3月成立绥远省陕坝专员公署，辖五原、临河、安北、狼山、米仓（1953年9月撤，改设杭锦后旗）、晏江县（1953年10月撤，改设为达拉特后旗）及陕坝镇。乌拉特前旗、乌拉特中旗、乌拉特后旗时属乌兰察布盟。1952年10月，乌拉特中旗、乌拉特后旗合并，改设为乌拉特中后联合旗。1954年绥远省撤销，绥远省陕坝专员公署改设为内蒙古自治区河套行政区。河套行政区人民***设在陕坝镇，辖五原县、临河县、安北县（1958年4月撤，划入乌拉特前旗）、狼山县（1958年4月撤，划入杭锦后旗）、达拉特后旗（1958年4月撤，划入五原县）、杭锦后旗、陕坝镇（县级，1958年4月撤，划入杭锦后旗）。1956年，甘肃省所辖巴音浩特蒙古自治州和额济纳自治州划回内蒙古自治区，成立巴彦淖尔盟，盟***驻巴彦浩特市，辖阿拉善旗、额济纳旗、磴口县和巴彦浩特市。1958年，河套行政区、巴彦淖尔盟合并，成立新的巴彦淖尔盟。巴彦淖尔盟行政公署迁至磴口县巴彦高勒镇，辖阿拉善旗（1961年撤，分设为阿拉善左旗和阿拉善右旗）、额济纳旗、杭锦后旗、乌拉特前旗（1958年由乌兰察布盟划归，1960年7月～1963年12月间隶属于包头市）、乌拉特中后联合旗（1958年由乌兰察布盟划归）、五原县、临河县、磴口县（1960年7月～1964年7月间为巴彦高勒市）、乌达市（1961年7月设）。1969年7月，将阿拉善左旗划出归宁夏回族自治区，阿拉善右旗、额济纳旗划出归甘肃省。1970年巴彦淖尔盟革命委员会由磴口县巴彦高勒镇迁临河，10月设置潮格旗，时巴彦淖尔盟辖杭锦后旗、乌拉特前旗、乌拉特中后联合旗、潮格旗、五原县、临河县、磴口县、乌达市（1975年8月划出）。1982年乌拉特中后联合旗、潮格旗分别更名乌拉特中旗、乌拉特后旗，1984年12月，临河县改设为临河市（县级）。2003年12月1日，国务院批准撤消巴彦淖尔盟和县级临河市，设立巴彦淖尔市和临河区。巴彦淖尔市人民***驻临河区，巴彦淖尔市辖杭锦后旗、乌拉特后旗、乌拉特中旗、乌拉特前旗、五原县、磴口县和临河区。

巴彦淖尔历史悠久，灿烂的河套文化和多彩的草原文明承载着历史的厚重。既有极具考古价值、驰名周际的巴音满都呼恐龙化石区和阴山岩画，也有尘封久远的汉墓群、秦汉长城、鸡鹿塞、高阙塞等古城池遗址及古庙宇，千百年来在河套大地上演绎了蒙恬修长城、屯垦戍边，卫青、霍去病抗击匈奴、昭君出塞、文姬归汉、三国吕布故乡、王同春开发河套水利、冯玉祥誓师、傅作义抗日等无数动人的史话。河套文化源远流长，内涵丰富，从 2005 年开始，通过连续三年河套文化研讨会及河套文化艺术节的召开，河套文化建设取得丰硕成果，河套文化已浮出水面，深入人心，成为全国重要的文化品牌。
巴彦淖尔不仅有着深厚的历史文化背景，还有极为为丰富的人文景观、自然景观旅游资源。滔滔黄河、巍巍阴山、辽阔的乌拉特草原、广袤的乌兰布和沙漠，构成了巴彦淖尔美丽雄奇的自然地貌；三盛公 黄河水利枢纽、乌梁素海、乌拉山国家森林公园、维信高尔夫度假村、希热庙、阿贵庙、纳林湖、镜湖、奇石林、人根峰、河套田园风光引人入胜，吸引着中外游客 。

河套赋

巍巍阴山 滔滔黄河
茫茫草原 猎猎大漠
曾经恐龙奔突
几多大泽扬波
河套人斩石为器
狼图腾惊魂慑魄
千里画廊石可言
万牲明灭日蹉跎
女娲补天炼石玛瑙湖
鲲鹏逍遥 自在屠申泽
古长城边 鹰击长空
高阙塞外 罡风萧瑟
有昭君出塞光禄
聆胡笳奏响亲和
苏武牧羊洞箫声咽
蒙恬挥师 铁马金戈
农牧交融膏腴地
弓弯箭响金雕落
一代天骄由此西征
遗欧陆蒙语地名布拉格
二龙戏珠 小鸡出壳
惊世骇俗戈壁石
千古绝唱敕勒歌
母门洞海纳百川
人根峰冲天巨锷
走西口 憧憬多
五原大捷 军民御倭
天人合一 古今脉络
和谐共生 山水婀娜
大河套 北方人类之源
乾坤转 几度兴衰变革
河套文化 声名远播
熠熠生辉 昭示你我

公主泉传说
河套系列酒饮誉中外，精湛的酿酒工艺自不必说，所用水井亦不可没。据在关部门化验，井水中含有多种微量元素，水质之佳，与优质矿泉水相比毫不逊色。关于这中井来历，有一段鲜为人知的传奇故事。
相传东汉末年，昭君姑娘出塞和亲，封为宁帮瘀氏，呼韩邪单于礼遇有加，夫妻恩爱无比，虽是如此，昭君毕竟生长在中原，思乡之情却挥之不去，拂之又来。这一年，又近中秋，这思乡之情更加强烈，正是“才下眉头，又上心头”。
单于王看昭君终日郁郁寡欢。从旁劝道：“爱妻思乡如此凄苦，归于无计，不若西山下水草丰茂，野味极多，而今已是围猎的好季节，也可借此排解心中的忧苦。不知爱妻意下如何?”昭君公主点头称是。次日单于传令车驾西行，携婢女禁军数百，逶迤向高阙而来。第五日午前出狼山口，抵高阙塞。塞上官兵迎回大寨，两人劳军已毕，同登狼山远望。只见黄草连天，黄河如同一条银带，横在天地之间，哪有半点中原阡陌景色，遂轻声劝道：“爱妻，你看这狼山脚下，沃野千里，水肥草茂，虽比不得中原山川秀丽，可也辽阔雄浑，草天一色，别具北国风光。此外野味极多极肥美，又闻听有千年灵狐出没，非有缘不得获也得获也，可下山一猎。”
夫妻二人下得山来，弃车乘马，只带勇士数十人，向东行来。一路上只风獐兔糜鹿出没跳跃，锦鸡鸿雁飞起飞落。单于任凭将士猎取鸟兽，自己只与昭君姑娘信马由缰，谈笑前行。正行间，一骁骑捧一硕大的锦鸡来到马前，道：“王爷，我等猎到一肥大锦鸡，特献给王爷与公主。”单于接过一看，只见这只锦鸡甚是肥硕，其尾长有数尺，红绿相间，闪耀着金属光泽，果真十分美丽。公主大喜，亲手取下锦尾，给单于插在帽上，单于亦十分高兴。这时一轮红日正欲西下，薄云之间透出万道霞光，连那群山、草原都披上了金色，极是壮观雄奇。
夫妻俩赏景良久，见天色已晚，正要拨马回寨，突见前面数十步远的树丛之下，两只银狐耳鬓厮磨，神情甚是亲密。更兼浑身纯白，煞时罕见。单于大喜，对昭君道：“闻听此处常有灵狐出没，今日所见，或许是也，亦是爱妻的福份。不若你我各猎其一，一只与你驱寒，一只献于你汉家皇后，也是一件美事。”公主亦喜，两人挽弓搭箭射去，已中两狐。那狐中箭，却不倒下，竟带箭双双而逃，夫妻俩亦纵马追去。约跑出十余里，倏忽不见了二狐，单于令军士遍寻不见。
此时已值中秋，一轮满月已自升起，月明如镜，月光如水。单于道：“丢了灵狐虽是可惜，然而今日公主高兴，才是本意。”即令军士搭棚升火掘井淘水，准备野餐。谁知道掘十余处，皆为苦水，不堪食用。公主见是如此，对单于道：“妾北上和亲，大王对我恩宠有加。如果有灵狐，我欲为大王求一清泉，以度良宵。”说罢面南山而跪，撮士为香，祝道：“奴婢王嫱，为胡汉和好，远出塞外。今冒犯仙颜，不胜惶恐。如果与奴婢有缘，请赐甘泉一口，以慰单于等众。”祝罢，解下项上玉佩，向前投出。
那玉佩落地有声，军士遁声找去，却见玉佩之旁，两支雕翎箭齐插在地上，公主与单于奇异，令军士掘到一丈有余，只见清泉涌出，清泉中两只玉镯沓沓生辉。捞上一看，只见玉镯洁白如雪，晶莹透亮，更无一点瑕疵。单于大喜道：“恭喜公主得此福玉，真是福份不浅。”说罢亲手给公主戴上。昭君顿觉遍体生凉，十分舒服。尝其泉水甘甜无比。昭君公主亦十分高兴，说道：“蒙上天垂怜，赐我神物，这清泉却不可因此而失却灵气。”就取下头上玉簪、顶上玉佩，投入泉水之中，以养甘泉。两件玉器是皇后与汉皇所赐，虽非神物，亦非凡品。
单于回到王庭之后，令人重修此井，取名公主泉，立碑于井边，并派人看护。经千百年沧桑之变，石碑不知去向，但过往商旅知此井水甜，竟来歇脚，后逐渐有人定居，成为一个小小村镇。河套酒厂所用的水井正是这口井。
据说，此对玉镯是西王母拜访黄帝时途经此处，见湖水清澈、水草丰茂，一时高兴，退下腕升仙而去，做了西王母的侍女。
又传说，三国初期，中原才女蔡文姬因战乱流落朔方郡一一即今磴口县与杭锦后旗一带，闻听此井为王昭君所掘，曾来凭吊。在此居七日，写下了著名的《胡茄十八拍》，成为千古名曲，流传至今。